第一，水資源利用率較低
新疆屬于干旱地區，且南北東疆水資源分布不均衡，特別是南疆三地州，長期受到干旱的困擾，新疆農業水利工程建設較為滯后，水利調控能力較為低下，且加之水資源滲漏嚴重，最終導致農業用水利用效率較低。
第二，農業交通基礎設施建設較為滯后
盡管農村公路通達率較高，但村道公路等級差，絕大部分為泥石路，沒有硬化，路面窄，路況差，制約著農村經濟社會的發展，也為新農村建設，產業結構調整、人流、物流發展等帶來了較大不利因素
第三，新疆農業勞動力素質偏低
新疆農民特別是南疆地區的農民受教育程度存在普遍偏低的狀況，這在一定程度上阻礙了新疆農民的勞動輸出，造成農民增收只能靠農業發展的不良后果。
第四，新疆農業科技含量不高，農民科技文化素質未得到根本提升
第五，新疆農業勞動生產率相對較低。
新疆農業發展與國外農業發達省份和內地農業發展良好省份相比，農業勞動生產率差距較大。
第六，新疆農產品國際市場參與率較小
隨著新疆與中亞、南亞等周邊國家貿易的合作與深化，新疆農產品出口額也逐年增加，但是農業作為新疆經濟的基礎，其主要目標仍是滿足自身需求，即以自給自足為主，新疆農產品對外銷售率較低。
第七，資源約束阻礙農業的可持續發展
新疆農業在發展中出現了諸多問題，如生態環境污染、資源緊缺等，逐漸成為阻礙新疆農業可持續發展的瓶頸。新疆水 土流失嚴重、土地荒漠化加劇，都一定程度的影響了新疆的農業可持續發展。
第八，新疆農業抗風險能力較差
這里所說的風險主要有自然風險和市場風險兩類。對于自然風險而言，新疆農業的生產過程對光、土地、水等資源資源的依賴程度較大，而這些自然資源并不總是促進農業發展與生產，當這些資源產生災害時就形成了自然風險。，其農產品生產受到來自市場需求的影響較大，而市場需求的巨大變化會導致農業生產損失，因此農業生產具有市場風險。新疆農業發展的市場風險一方面是農戶對市場信息的滯后性會導致農產品生產與市場需求的矛盾，另一方面是即使得到了市場信息，農戶還需要擁有對應的農業生產技術水平
《“絲綢之路經濟帶”背景下新疆農業競爭力研究》孫培蕾
